Gentjan Gjonaj është një nga 8 personat e vënë nën hetim nga policia për protestën e dhunshme të opozitës të martën para Kuvendit. Por ai është i njohur si një mbështetës i flaktë i opozitës, ku më së fundi është shfaqur edhe në protesën e banorëve të Astirit, edhe pse ai nuk preket nga projekti i Unazës së Re, pasi nuk jeton fare në atë zonë. Edhe atje u arrestua si një ndër presonat aktivë që dhunuan forcat e Policisë Bashkiake, në protestën e banorëve të Astirit, që ende vijon.
Është arrestuar më herët nga policia për protesta të dhunshme, ku në vitin 2015, deputetët demokratë i dolën në mbështetje duke thënë se u prangos pasi ka bërë këngë kundër kryeministrit Edi Rama.
Gjonaj ka qenë i arrestuar edhe për dhunën në protestën e opozitës ndaj kantierit të ndërtimit të këndit të lojërave në Parkun e Madh të Liqenit në vitin 2016.
Po ashtu, është arrestuar dhe hetuar edhe për ngjarjet e dhunshme në një tjetër protestë të opozitës, ndaj bunkerit pranë Ministrisë së Brendshme.
Madje, ka qenë pjesëmarrës edhe në protestën kundër vendosjes së traut të taksës së Rrugën e Kombit apo edhe në bllokimin e rrugës në afërsi të Dajtit, të gjitha protesta të organizuara nga PD.
